微生物限度检测仪在实验时可能会遇到的几大难点：

　　1.药品中污染的微生物处于不稳定状态，微生物种类具有不确定性；

　　2.在药品生产各个环节中，微生物污染存在着不均匀性；

　　3.无论是无抑菌性药物还是抑菌性药物都要进行微生物限度检查，特别是污染于抑菌药物中的微生物在一定条件下可以稳定存在一段时间，虽然它们可能受到损伤，但未死亡，如服用至人体内，当条件适宜时仍可生长繁殖；

　　4.某些药物在试验条件下呈现抑菌作用并干扰待检菌的检出或计数，但当服用后受到胃液及肠液的稀释，抑菌作用减弱或直接静脉注射入血液，细菌便可复苏并繁殖，对人体造成危害；

　　5.任何一种抑菌药物均有一定的抑菌范围，即抗菌谱。相当多的抗细菌药物对真菌毫无作用。对所有菌类均敏感的药物几乎不存在；

　　6.细菌对抑菌药物有适应性，耐药性致病菌株在临床上屡见不鲜，所以抑菌药物内是可能存在微生物并可对人体健康造成危害的，因此对抑菌性药物也有必要进行微生物限度检查，但抑菌性药物在检查过程中会有明显的抑菌作用，这在很大程度上影响了微生物的检出。