随着中草药研究进一步加深入，研磨处理中草药后就需要将中草药中的有效成分进行分离和提取。根据不同的中草药中的有效成分和活性成分不同而对应的选择不同的提取方法。

　　索式提取适用于溶解度较小的物质等。目前常用的是溶剂提取法，根据中草药中各种成分在溶剂中的溶解性质，选用对待提取成分溶解大，对不需要溶出成分溶解度小的溶剂，从而将有效成分从药材中提取出来。选择的溶剂通过扩散、渗透作用进入到药材细胞中，溶解了可溶物质并造成了细胞内外浓度差导致细胞溶液不断向外扩散。溶剂按极性可分为三类：亲脂性溶剂，极性小并介电常数小；亲水性溶剂，极性较大并介电常数较大；水溶剂，极性大并介电常数大。

　　通过上述的提取之后得到的提取物仍然是个混合物，需要进一步除去杂质，并进行分离。具体的方法随着中草药的性质不同而异。其中两相萃取法则为其中直接的办法。利用混合物中各成分在两种互不相溶的溶剂体系中分配系数的不同而达到分离。萃取前将萃取溶剂和混合物进行充分的混合，然后静置等待分层。在充分混合过程中，以前往往使用手摇的方式，不仅浪费人力而且会有不能充分混合的现象，采用分液漏斗振荡器，上下强力振动方式，得到更大的混合效果，释放了研究人员的精力。适用于化学、制药、医学实验室水质分析所需的溶剂提取、有机溶剂提取、土壤成分提取等。